События развивались так: 4 декабря 2003 года на лестничной площадке седьмого этажа дома № 8 по проспекту Пятилеток был обнаружен труп Бондаренко. Личность убитого — руководителя крупного и стабильного предприятия, уверенно чувствующего себя на мировом рынке, — поставила это преступление в один ряд с самыми громкими делами. Оперативную группу по расследованию убийства возглавил начальник управления уголовного розыска полковник милиции Сергей Стрелин. Следствие было поставлено на контроль в МВД РФ.
Версия о заказном характере убийства была основной с самого начала. Она в полной мере соответствовала общему положению, сложившемуся в последние годы в прядильно-ниточном бизнесе Северо-Запада. Положению криминальному, ставящему перед правоохранительными органами немало вопросов. Весной 2000 года был убит Геннадий Иванов, директор концерна «Кватрон», который объединяет несколько ниточных предприятий Питера и Пскова и является одним из самых серьезных конкурентов комбината имена Кирова. Через полгода был обнаружен труп Николая Ярулова, который стал директором «Кватрона» после гибели Иванова. И вот пришла очередь еще одного «нитяного» руководителя — Алексея Бондаренко. Следствие искало следы конкурентов в этом деле. И не нашло.
Весной 2004 года оперативники задержали жителя Северной Осетии А. Собиева, который был непосредственным исполнителем расстрела Алексея Бондаренко. Собиев признался, что деньги за убийство, оружие (обрез охотничьего ружья и пистолет Макарова) и адрес места действия он получил от некоего А. Сударикова, сотрудника охранной фирмы «ДИВО». Дальнейшее расследование привело сотрудников угро еще к одному персонажу этой истории — С. Богданову, давнему знакомому А. Сударикова. Несколько лет назад оба весьма успешно занимались квартирными махинациями. Богданов успел побывать под следствием за прошлые дела. Общение с Богдановым и Судариковым привело следственную бригаду к выводу, что они были лишь посредниками между настоящим заказчиком убийства Алексея Бондаренко и непосредственным исполнителем. Собственно, в их задачу как раз и входило найти киллера, указать ему цель и расплатиться.
Заказчиком убийства Бондаренко, как сообщили редакции в информационном отделе криминальной милиции ГУВД, был... его заместитель по экономическим вопросам Юрий Когай. Он вручил Сударикову и Богданову «на операцию» 50 тысяч долларов США, а также фотографию Бондаренко и номер его машины. Посредники договорились с непосредственным исполнителем за 10 тысяч долларов, остальные деньги поделили между собой.
Разбираясь в причинах столь странных отношений директора комбината и его заместителя-экономиста, следствие пришло к выводу, что всему виной — разница в подходах к будущему комбината. Есть версия, что Юрий Когай стремился заполучить единоличную власть на комбинате, ради того чтобы продать его. Вернее, занимаемую комбинатом землю на берегу Невы в Выборгском районе. На эту территорию, по данным следствия, уже претендовали несколько застройщиков, которые планировали разместить здесь жилой комплекс и очередной торгово-развлекательный центр.
Все участники событий арестованы и ожидают суда. Уголовное дело, возбужденное сначала по ст. 105, ч. 1 УК РФ («убийство»), переквалифицировано: ст. 105, ч. 2 («убийство лица в связи с его служебной деятельностью»).